Der alte Name von Gongju ist Gomanaru, auch Ungjin genannt. Als 475 die Hauptstadt Hanseong (Seoul) von Baekje durch den Einfall von Goguryeo fiel, verlegte Baekje seine Hauptstadt nach Ungjin. Danach, bis zur erneuten Verlegung nach Sabi (Buyeo) im Jahr 538, war Ungjin 64 Jahre lang das Zentrum von Baekje. Die Königsburg dieser Zeit war die Festung Ungjin, die heutige Gongsanseong. Sie wurde unter Nutzung der Berglage des Gongsan, der steil zum Fluss Geumgang abfällt, als natürliche Festung angelegt.
Die Gongsanseong hatte auch nach der Verlegung der Hauptstadt nach Sabi nicht ausgedient. Die Stadt Gongju schreibt, sie sei eine der 5 Bangseong, nämlich die Bukbangseong, gewesen, und 630, als der Palast von Sabi instand gesetzt wurde, sei der König in die Gongsanseong übergesiedelt. Im Juli 660 floh König Uija von Sabi hierher, stellte sich den vereinigten Truppen von Silla und Tang entgegen und ergab sich dann. Auch nach dem Untergang von Baekje war sie lange ein regionaler Stützpunkt: Im Vereinigten Silla Sitz der Verwaltung von Ungcheonju, in der Joseon-Zeit Sitz des Chungcheong Gamyeong und des Junggunyeong. So änderte sich auch der Name von Festung Ungjin über Festung Ungcheon und Gongsanseong bis Ssangsu-Bergfestung, und die heutige Steinmauer ist das Bild, das unter den Königen Seonjo und Injo der Joseon-Zeit neu errichtet wurde.
Bei den Ausgrabungen seit den 1980er-Jahren wurden Baekje-zeitliche Palastreste, Teiche, Holzspeicher und Vorratsgruben festgestellt. Am nordwestlichen Platz, wo sich Einrichtungen des Palastes befanden, kamen Fundamente von mehr als 80 Gebäuden zum Vorschein. Auf einer Lackrüstung aus der Wasseranlage steht in roter Schrift eine Inschrift „Jeonggwan 19“, also das Jahr 645 (Jahr 5 von König Uija), was sie zu einer sehr wertvollen historischen Quelle macht. Die Stampflehmtechnik, bei der feine Erde und sandige Erde abwechselnd festgestampft werden, und die Byeokju-Gebäudereste mit dicht gesetzten Pfosten in Gräben werden als Beweis für den Austausch von Bautechnik mit China und Japan erklärt.
Wenn man von der Gongsanseong den Blick auf die Hügel südlich des Geumgang richtet, liegen dort die Gräber der Königsfamilie aus der Ungjin-Zeit. Bei den Untersuchungen in der japanischen Kolonialzeit sollen es Dutzende gewesen sein, doch hergerichtet sind heute 7 einschließlich des Königsgrabs von Muryeong. Die Gräber Nr. 1 bis 5 sind Steinkammergräber mit Zugang durch einen Gang, die typische Grabform von Baekje, Grab Nr. 6 und das Königsgrab von Muryeong sind in China verbreitete Ziegelgräber. Der Korea Heritage Service schreibt, dass die Gräber Nr. 1 bis 4 schon vor der Untersuchung geplündert worden waren. Das Königsgrab von Muryeong wurde 1971 zufällig entdeckt, als die Entwässerung der Gräber Nr. 5 und 6 instand gesetzt wurde. Dank des im Grab gefundenen Grabsteins wurde klar, dass der Besitzer der 25. König von Baekje, König Muryeong, war; die Stadt Gongju erklärt, es sei das einzige Königsgrab unter den Gräbern der Drei Reiche, dessen Besitzer man kennt.