El nombre antiguo de Gongju es Gomanaru, escrito en caracteres chinos como Ungjin. Cuando la capital de Baekje, Hanseong (Seúl), cayó ante una invasión de Goguryeo en 475, Baekje trasladó su capital a Ungjin. Desde entonces, hasta que volvió a trasladarla a Sabi (Buyeo) en 538, Ungjin fue el centro de Baekje durante 64 años. La fortaleza real de este período era Ungjinseong, que es el actual Gongsanseong. Es un bastión natural construido aprovechando el relieve de Gongsan, que cae en pendiente pronunciada hacia el río Geumgang.
Gongsanseong no dejó de usarse ni siquiera después de que Baekje trasladara su capital a Sabi. La ciudad de Gongju escribe que fue Bukbangseong, una de las 5 fortalezas regionales, y que en 630, cuando se reparó el palacio de Sabi, el rey trasladó su residencia a Gongsanseong. En julio de 660 el rey Uija se refugió aquí desde Sabi, hizo frente a las fuerzas aliadas de Silla y Tang y se rindió. Incluso después de la caída de Baekje, albergó la sede de Ungcheonju bajo Silla Unificada y el Chungcheong Gamyeong y el Junggunyeong bajo Joseon, así que siguió siendo una base regional durante mucho tiempo. Por eso el nombre fue cambiando: Ungjinseong, Ungcheonseong, Gongsanseong y Ssangsusanseong, y la muralla de piedra que se ve hoy es la que quedó tras reconstruirse en los reinados de Seonjo e Injo de Joseon.
Las excavaciones que continúan desde la década de 1980 han confirmado un emplazamiento de palacio real de la época de Baekje, estanques, almacenes de madera y fosas de almacenamiento. En el emplazamiento del noroeste, donde estaban las instalaciones relacionadas con el palacio, salieron a la luz más de 80 emplazamientos de edificios. Una armadura laqueada hallada en una instalación de almacenamiento de agua lleva una inscripción en letras rojas, “Jeonggwan 19”, que significa 645 (el año 5 del rey Uija), y tiene un gran valor como material histórico. La técnica panchuk, que consiste en apisonar por capas alternas tierra fina y tierra arenosa, y los emplazamientos de edificios byeokju, construidos cavando una zanja y colocando postes muy juntos, se explican como prueba del intercambio de técnicas de construcción con China y Japón.
Se dice que las investigaciones del período colonial japonés hallaron decenas de tumbas, pero las que se conservan ahora son 7, incluida la Tumba del rey Muryeong. Las Tumbas n.º 1 a 5 son tumbas de cámara de piedra con entrada en corredor, el tipo de tumba representativo de Baekje, y la Tumba n.º 6 y la Tumba del rey Muryeong son tumbas de ladrillo, un tipo popular en China. El Servicio del Patrimonio de Corea escribe que las Tumbas n.º 1 a 4 ya habían sido saqueadas antes de ser investigadas. La Tumba del rey Muryeong se encontró por casualidad en 1971, mientras se reparaba el sistema de drenaje de las Tumbas n.º 5 y 6. Gracias a la lápida de piedra hallada en la tumba, se identificó a su dueño como el 25.º rey de Baekje, el rey Muryeong, y la ciudad de Gongju explica que es la única tumba real de las tumbas del período de los Tres Reinos cuyo dueño se conoce.