L’ancien nom de Gongju est Gomanaru, aussi appelé Ungjin. Quand la capitale de Baekje, Hanseong (Séoul), est tombée en 475 sous l’invasion de Goguryeo, Baekje a déplacé sa capitale à Ungjin. Ensuite, jusqu’au nouveau transfert à Sabi (Buyeo) en 538, Ungjin a été pendant 64 ans le centre de Baekje. La forteresse royale de cette époque était la forteresse d’Ungjin, l’actuelle Gongsanseong. C’est une forteresse naturelle bâtie en tirant parti du relief du Gongsan, qui tombe à pic sur le fleuve Geumgang.
Gongsanseong n’a pas cessé de servir après le transfert de la capitale à Sabi. La ville de Gongju écrit qu’elle était l’une des 5 Bangseong, la Bukbangseong, et qu’en 630, lors de la réparation du palais de Sabi, le roi s’est installé à Gongsanseong. En juillet 660, le roi Uija s’y est réfugié depuis Sabi, a affronté les forces alliées de Silla et de Tang, puis s’est rendu. Même après la chute de Baekje, elle est restée longtemps un point d’appui régional : siège de l’administration d’Ungcheonju sous Silla unifié, siège du Chungcheong Gamyeong et du Junggunyeong à l’époque Joseon. Son nom a ainsi changé, de forteresse d’Ungjin à forteresse d’Ungcheon, Gongsanseong, puis forteresse de montagne de Ssangsu, et le mur de pierre actuel est celui reconstruit sous les rois Seonjo et Injo de l’époque Joseon.
Les fouilles menées depuis les années 1980 ont révélé des vestiges du palais royal de l’époque de Baekje, des bassins, des entrepôts en bois et des fosses de stockage. Sur le terrain du nord-ouest, où se trouvaient les installations liées au palais, on a mis au jour les bases de plus de 80 bâtiments. Une armure laquée trouvée dans l’installation de retenue d’eau porte une inscription à l’encre rouge « Jeonggwan 19 », c’est-à-dire l’année 645 (5e année du roi Uija), ce qui lui donne une grande valeur comme source historique. La technique du pisé, qui consiste à damer en alternance de la terre fine et de la terre sableuse, et les vestiges de bâtiments Byeokju, aux poteaux serrés plantés dans des tranchées, sont présentés comme la preuve d’échanges de techniques de construction avec la Chine et le Japon.
Si l’on regarde depuis Gongsanseong vers les collines au sud du Geumgang, on y trouve les tombes de la famille royale de la période d’Ungjin. Les enquêtes de l’époque coloniale japonaise font état de dizaines de tombes, mais 7 seulement sont aujourd’hui aménagées, dont le tombeau du roi Muryeong. Les tombes n° 1 à 5 sont des tombes à chambre de pierre à couloir, le style funéraire typique de Baekje, tandis que la tombe n° 6 et le tombeau du roi Muryeong sont des tombes en briques, courantes en Chine. Le Service du patrimoine coréen écrit que les tombes n° 1 à 4 avaient déjà été pillées avant les fouilles. Le tombeau du roi Muryeong a été découvert par hasard en 1971 lors de la réparation du drainage des tombes n° 5 et 6. Grâce à la pierre tombale trouvée à l’intérieur, on a su que le propriétaire était le 25e roi de Baekje, le roi Muryeong ; la ville de Gongju explique que c’est la seule tombe royale de l’époque des Trois Royaumes dont on connaît le propriétaire.