Nama lama Gongju adalah Gomanaru, yang dalam aksara Han ditulis Ungjin. Pada tahun 475, ketika ibu kota Baekje, Hanseong (Seoul), runtuh akibat serangan Goguryeo, Baekje memindahkan ibu kotanya ke Ungjin. Sesudah itu, hingga dipindahkan lagi ke Sabi (Buyeo) pada tahun 538, Ungjin menjadi pusat Baekje selama 64 tahun. Benteng raja pada masa ini adalah Ungjinseong, yaitu Gongsanseong sekarang. Ini adalah benteng alami yang dibangun dengan memanfaatkan lereng curam Gunung Gongsan di tepi Sungai Geumgang.
Bahkan setelah Baekje memindahkan ibu kotanya ke Sabi, fungsi Gongsanseong belum berakhir. Kota Gongju mencatat bahwa tempat ini adalah Bukbangseong di antara 5 Bangseong, dan ketika istana di Sabi diperbaiki pada tahun 630, raja pindah tinggal ke Gongsanseong. Pada Juli 660, Raja Uija mengungsi dari Sabi ke sini, melawan pasukan gabungan Silla–Tang, lalu menyerah. Setelah Baekje runtuh, pada masa Silla Bersatu tempat ini menjadi pusat pemerintahan Ungcheonju, dan pada masa Joseon menjadi tempat Chungcheong Gamyeong dan Junggunyeong, sehingga lama menjadi basis daerah. Karena itu namanya pun berganti menjadi Ungjinseong, Ungcheonseong, Gongsanseong, dan Ssangsusanseong, dan tembok batu yang terlihat sekarang adalah bentuk yang dibangun ulang pada masa Raja Seonjo dan Injo dari Joseon.
Penggalian yang berlangsung sejak tahun 1980-an memastikan adanya bekas istana zaman Baekje, kolam, gudang kayu, dan lubang penyimpanan. Di lokasi barat laut tempat fasilitas terkait istana berada, ditemukan lebih dari 80 bekas bangunan. Pada baju zirah berlapis pernis yang keluar dari fasilitas penampungan air terdapat tulisan merah "Jeonggwan 19", yaitu tahun 645 (tahun ke-5 Raja Uija), sehingga bernilai besar sebagai bahan sejarah. Teknik panchuk, yaitu memadatkan tanah halus dan tanah berpasir secara berselang-seling, serta bekas bangunan berdinding tiang yang dibuat dengan menggali parit lalu mendirikan tiang rapat-rapat, dijelaskan sebagai bukti adanya pertukaran teknik bangunan dengan Tiongkok dan Jepang.
Jika Anda mengalihkan pandangan dari Gongsanseong ke bukit di selatan Sungai Geumgang, di sana berkumpul makam kerajaan masa Ungjin. Dalam penelitian zaman penjajahan Jepang disebutkan ada puluhan makam, tetapi yang kini ditata adalah 7 makam termasuk Tomb of King Muryeong. Makam No. 1 sampai No. 5 adalah makam bilik batu berpintu samping, gaya makam khas Baekje, sedangkan makam No. 6 dan Tomb of King Muryeong adalah makam bata yang populer di Tiongkok. Badan Warisan Nasional mencatat bahwa makam No. 1 sampai No. 4 sudah dijarah sebelum diteliti. Tomb of King Muryeong ditemukan secara kebetulan pada tahun 1971 saat memperbaiki saluran drainase makam No. 5 dan No. 6. Berkat batu prasasti di dalam makam, diketahui bahwa pemiliknya adalah Raja Muryeong, raja ke-25 Baekje, dan Kota Gongju menjelaskan bahwa ini satu-satunya makam raja zaman Tiga Kerajaan yang pemiliknya diketahui.