Nama lama Gongju ialah Gomanaru, yang dalam tulisan Han ditulis Ungjin. Pada tahun 475, apabila ibu negara Baekje, Hanseong (Seoul), runtuh akibat serangan Goguryeo, Baekje memindahkan ibu negaranya ke Ungjin. Selepas itu, sehingga dipindahkan lagi ke Sabi (Buyeo) pada tahun 538, Ungjin menjadi pusat Baekje selama 64 tahun. Kubu raja pada zaman ini ialah Ungjinseong, iaitu Gongsanseong sekarang. Ini ialah kubu semula jadi yang dibina dengan memanfaatkan cerun curam Gunung Gongsan di tepi Sungai Geumgang.
Walaupun selepas Baekje memindahkan ibu negaranya ke Sabi, fungsi Gongsanseong belum berakhir. Bandar Gongju mencatatkan bahawa tempat ini ialah Bukbangseong antara 5 Bangseong, dan apabila istana di Sabi dibaiki pada tahun 630, raja berpindah tinggal ke Gongsanseong. Pada Julai 660, Raja Uija berlindung dari Sabi ke sini, menentang tentera bersekutu Silla–Tang, lalu menyerah. Selepas Baekje runtuh, pada zaman Silla Bersatu tempat ini menjadi pusat pentadbiran Ungcheonju, dan pada zaman Joseon menjadi tempat Chungcheong Gamyeong dan Junggunyeong, jadi lama menjadi pangkalan daerah. Kerana itu namanya pun bertukar menjadi Ungjinseong, Ungcheonseong, Gongsanseong dan Ssangsusanseong, dan tembok batu yang kelihatan sekarang ialah bentuk yang dibina semula pada zaman Raja Seonjo dan Injo dari Joseon.
Penggalian yang berlangsung sejak tahun 1980-an mengesahkan kewujudan tapak istana zaman Baekje, kolam, gudang kayu dan lubang simpanan. Di tapak barat laut tempat kemudahan berkaitan istana berada, ditemui lebih daripada 80 tapak bangunan. Pada baju besi bersalut pernis yang keluar daripada kemudahan simpanan air terdapat tulisan merah "Jeonggwan 19", iaitu tahun 645 (tahun ke-5 Raja Uija), jadi bernilai besar sebagai bahan sejarah. Teknik panchuk, iaitu memadatkan tanah halus dan tanah berpasir secara berselang-seli, serta tapak bangunan berdinding tiang yang dibuat dengan menggali parit kemudian mendirikan tiang rapat-rapat, diterangkan sebagai bukti berlakunya pertukaran teknik bangunan dengan China dan Jepun.
Jika anda mengalihkan pandangan dari Gongsanseong ke bukit di selatan Sungai Geumgang, di sana berkumpul makam diraja zaman Ungjin. Dalam penyiasatan zaman penjajahan Jepun disebut ada berpuluh-puluh makam, tetapi yang kini ditata ialah 7 makam termasuk Tomb of King Muryeong. Makam No. 1 hingga No. 5 ialah makam bilik batu berpintu sisi, gaya makam tipikal Baekje, manakala makam No. 6 dan Tomb of King Muryeong ialah makam bata yang popular di China. Agensi Warisan Negara mencatatkan bahawa makam No. 1 hingga No. 4 sudah dirompak sebelum disiasat. Tomb of King Muryeong ditemui secara kebetulan pada tahun 1971 semasa membaiki sistem perparitan makam No. 5 dan No. 6. Berkat batu prasasti di dalam makam, diketahui bahawa pemiliknya ialah Raja Muryeong, raja ke-25 Baekje, dan Bandar Gongju menerangkan bahawa ini satu-satunya makam raja zaman Tiga Kerajaan yang pemiliknya diketahui.