O nome antigo de Gongju é Gomanaru, escrito em caracteres chineses como Ungjin. Quando a capital de Baekje, Hanseong (Seul), caiu diante de uma invasão de Goguryeo em 475, Baekje transferiu a capital para Ungjin. Desde então, até transferi-la de novo para Sabi (Buyeo) em 538, Ungjin foi o centro de Baekje por 64 anos. A fortaleza real desse período era Ungjinseong, que é o atual Gongsanseong. É um reduto natural construído aproveitando o relevo de Gongsan, que desce em declive acentuado até o rio Geumgang.
Gongsanseong não deixou de ser usada nem depois que Baekje transferiu a capital para Sabi. A cidade de Gongju escreve que ela foi Bukbangseong, uma das 5 fortalezas regionais, e que em 630, quando o palácio de Sabi foi reparado, o rei transferiu sua residência para Gongsanseong. Em julho de 660 o rei Uija se refugiou aqui, vindo de Sabi, enfrentou as forças aliadas de Silla e Tang e se rendeu. Mesmo depois da queda de Baekje, abrigou a sede de Ungcheonju sob a Silla Unificada e o Chungcheong Gamyeong e o Junggunyeong sob Joseon, e por isso continuou sendo uma base regional por muito tempo. Por isso o nome foi mudando: Ungjinseong, Ungcheonseong, Gongsanseong e Ssangsusanseong, e a muralha de pedra vista hoje é a que ficou depois de ser reconstruída nos reinados de Seonjo e Injo de Joseon.
As escavações que continuam desde a década de 1980 confirmaram um local de palácio real da época de Baekje, lagos, armazéns de madeira e fossos de armazenamento. No local do noroeste, onde ficavam as instalações relacionadas ao palácio, vieram à luz mais de 80 locais de edificações. Uma armadura laqueada encontrada em uma instalação de armazenamento de água traz uma inscrição em letras vermelhas, “Jeonggwan 19”, que significa 645 (o 5.º ano do rei Uija), e tem grande valor como material histórico. A técnica panchuk, que consiste em compactar em camadas alternadas terra fina e terra arenosa, e os locais de edificações byeokju, construídos cavando uma vala e fixando postes bem juntos, são explicados como prova do intercâmbio de técnicas de construção com a China e o Japão.
Diz-se que as pesquisas do período colonial japonês encontraram dezenas de tumbas, mas as que são mantidas hoje são 7, incluindo a Tumba do rei Muryeong. As Tumbas n.º 1 a 5 são tumbas de câmara de pedra com entrada em corredor, o tipo de tumba representativo de Baekje, e a Tumba n.º 6 e a Tumba do rei Muryeong são tumbas de tijolo, um tipo popular na China. O Serviço do Patrimônio da Coreia escreve que as Tumbas n.º 1 a 4 já tinham sido saqueadas antes de serem pesquisadas. A Tumba do rei Muryeong foi encontrada por acaso em 1971, enquanto se consertava o sistema de drenagem das Tumbas n.º 5 e 6. Graças à lápide de pedra encontrada na tumba, seu dono foi identificado como o 25.º rei de Baekje, o rei Muryeong, e a cidade de Gongju explica que é a única tumba real entre as tumbas do período dos Três Reinos cujo dono se conhece.