Tên cũ của Gongju là Gomanaru, viết bằng chữ Hán là Ungjin. Năm 475, khi kinh đô Hanseong (Seoul) của Baekje sụp đổ trước cuộc xâm lược của Goguryeo, Baekje dời kinh đô đến Ungjin. Sau đó, cho đến khi dời lại đến Sabi (Buyeo) năm 538, Ungjin là trung tâm của Baekje trong 64 năm. Thành vua thời kỳ này là Ungjinseong, tức Gongsanseong ngày nay. Đây là pháo đài tự nhiên được xây tận dụng thế núi Gongsan dốc đứng bên sông Geumgang.
Ngay cả sau khi Baekje dời kinh đô đến Sabi, Gongsanseong vẫn chưa hết vai trò. Thành phố Gongju ghi rằng nơi này là Bukbangseong trong số 5 Bangseong, và khi sửa cung điện ở Sabi năm 630, nhà vua đã chuyển nơi ở đến Gongsanseong. Tháng 7 năm 660, vua Uija lánh từ Sabi đến đây, chống cự liên quân Silla–Đường rồi đầu hàng. Sau khi Baekje sụp đổ, thời Silla Thống nhất đây là trị sở của Ungcheonju, thời Joseon là nơi đặt Chungcheong Gamyeong và Junggunyeong, nên từ lâu là căn cứ của địa phương. Vì vậy tên cũng đổi thành Ungjinseong, Ungcheonseong, Gongsanseong và Ssangsusanseong, và bức tường đá ngày nay là hình dạng được xây sửa lại vào thời vua Seonjo và Injo của Joseon.
Các cuộc khai quật tiếp diễn từ thập niên 1980 đã xác nhận nền cung điện thời Baekje, ao, kho gỗ và hố chứa. Ở nền phía tây bắc, nơi có các công trình liên quan đến cung điện, người ta tìm thấy hơn 80 nền nhà. Trên bộ giáp sơn mài lấy ra từ công trình chứa nước có dòng chữ đỏ "Jeonggwan 19", tức năm 645 (năm thứ 5 đời vua Uija), nên có giá trị lớn như tư liệu lịch sử. Kỹ thuật panchuk, đầm xen kẽ đất mịn và đất cát, và nền nhà vách cột, được dựng bằng cách đào rãnh rồi đặt cột sát nhau, được giải thích là bằng chứng cho thấy đã có trao đổi kỹ thuật kiến trúc với Trung Quốc và Nhật Bản.
Nếu nhìn từ Gongsanseong sang đồi phía nam sông Geumgang, bạn sẽ thấy các lăng mộ hoàng gia thời Ungjin tụ lại. Theo điều tra thời Nhật thuộc, có hàng chục ngôi mộ, nhưng hiện được tu bổ là 7 ngôi, kể cả Tomb of King Muryeong. Mộ số 1 đến số 5 là mộ buồng đá có lối vào ngang, kiểu mộ tiêu biểu của Baekje, còn mộ số 6 và Tomb of King Muryeong là mộ gạch từng thịnh hành ở Trung Quốc. Cơ quan Di sản Quốc gia ghi rằng mộ số 1 đến số 4 đã bị trộm trước khi được điều tra. Tomb of King Muryeong được phát hiện tình cờ năm 1971 khi sửa hệ thống thoát nước của mộ số 5 và số 6. Nhờ tấm bia mộ trong lăng mà biết chủ nhân là vua Muryeong, vị vua thứ 25 của Baekje, và thành phố Gongju giải thích rằng đây là lăng mộ hoàng gia duy nhất trong các cổ mộ thời Tam Quốc mà biết được chủ nhân.